治疗甲沟炎要在不同时段分情况治疗。在未形成脓肿的时候，可以外敷鱼石脂软膏，或者理疗等，同时口服抗菌药物，比如青霉素（对青霉素过敏者避免使用，可选用罗红霉素、阿奇霉素等），头孢拉定等。如果形成脓肿，应当沿着甲沟旁纵形切开引流，同时应用抗菌药物。对于甲根的脓肿，应当切除部分指甲，但是应当注意不要损伤甲床，以便指甲的再生。切开引流以后，应当多观察伤口情况，保持清洁，预防二次污染，同时全身应用抗生素。