引起肠套叠的原因很多，肠道炎症可引起肠蠕动障碍，包括局限性肠炎、非特异性回肠盲肠溃疡、急性回盲瓣膜炎、急慢性阑尾炎等，此外，肠结核、痢疾或发热性溃疡也可引起肠套叠。先天性畸形如Meckel憩室、盲肠缺失、回结肠线连接、肠蛔虫、小肠气囊肿、特发性紫癜肠壁血肿是继发肠套叠的罕见原因。