诊断应该以消除器质性疾病为基础。肠易激综合征是一种功能性肠道疾病。强调腹痛或不适与排便的关系，反映肠易激综合征作为一种特殊的综合征不同于其他肠功能性疾病(如功能性腹泻、功能性便秘、功能性腹痛等)。诊断标准将判断期延长至12个月，并规定至少12周内会有症状，但可以是不连续的，从而反映了疾病慢性反复发作的特点，降低了器质性疾病，特别是肠道肿瘤的漏诊率。