蛋白酶体抑制可以让不同类型的癌细胞调亡。在大多数已被研究的细胞类型中，抑制蛋白酶体可以促进细胞调亡。蛋白酶体并非是细胞调亡所必需的因子。对于一些细胞系，特别是原代培养的静止和分化的细胞，如胸腺细胞和神经元细胞，暴露于蛋白酶体抑制剂反而阻止了细胞的凋亡。这是由于促细胞凋亡激酶JNK的活性差异所导致的。