大部分肠结膜炎患者主要表现为腹泻，多见粘血便，水样便，粘液便，稀便等大便异常。腹痛继轻中度痉挛性腹痛，多数症状为阵发性短暂性轻度腹痛。腹泻发作时腹痛较明显，腹痛大便，排便后缓解有规律，严重者可引起持续性，剧烈疼痛。严重直肠受累伴有更多的急性和严重症状，有些患者会认为是胃不好，事实上，这次已经被诊断为结膜炎。