妊娠期甲状腺功能亢进症治疗比较特别，是在控制过量甲状腺素的同时应考虑药物对胎儿的影响，使孕妇的甲状腺功能尽可能接近或达到正常孕妇的生理水平，避免甲状腺功能减退的发生，主要治疗方法为抗甲状腺药物治疗。其原理是：抗甲状腺药物的最低剂量将FT4的水平限制在正常范围的上限或略高于正常上限，而血清TSH的正常下限略低于正常下限。怀孕期间禁止放射治疗，手术治疗的主要风险是早产和流产。