阿米巴角膜炎治疗比较棘手，疾病早期，可以刮除病灶区角膜上皮。使用双乙醛酸双溴丙咪、咪康唑或强化新霉素等药物治疗。疗程一般较长，初期点眼一小时一次，症状改善后，每天4到6次，直到感染完全控制，虫体全部被杀死，疗程至少四个月，直接不能停药，否则很容易复发，病情恶化。如果药物不能控制，或者疤痕严重影响视力，需要做角膜移植手术。