长期血液透析会产生副作用和并发症，主要表现为恶心、呕吐、躁动不安，严重者可发生抽搐、昏迷，甚至死亡。可能引起低血压和透析使用综合征。它还能引发热原反应。主要并发症有心力衰竭、冠心病、心包炎、严重贫血、电解质和酸碱平衡紊乱、低氧血症。此外肌肉痉挛也是血液透析常见的副作用之一，主要发生在肠道肌肉、足部、上肢和腹肌。