卵巢囊肿会不会自行消失和卵巢囊肿的性质有很大关系，如果是生理性卵巢囊肿，一段时间之后是会自行消失，如果是病理性囊肿一般是不会消失。病理性囊肿的种类也是比较多，有皮样囊肿还有囊腺瘤等，所以在出现囊肿之后需要到医院了解囊肿的具体情况，根据囊肿的大小来决定治疗方案，如果病理性囊肿比较小，可以口服药物抑制囊肿的增长，囊肿如果超过5厘米以上要通过手术治疗。