在治疗真菌性甲沟炎炎抗感染，抗菌的同时，也可使用抗真菌药物。抗真菌药物多为外用软膏，也可少量口服。对于症状不明显的，尽量用外用药膏，碘酒消毒后每日数次应用抗真菌药物。对于严重真菌感染，可用适当的口服抗真菌药物。反复重度脚气，指甲变形，畸形，最好做手术除甲。由于甲床是真菌感染生长的重要来源，去除甲床后再使用抗真菌药物更好地控制真菌感染。