母婴传播是我国乙型肝炎传播的主要途径。估计30%～50%的感染者是因母婴传播而感染的。在没有接受乙肝疫苗预防的情况下，乙肝妈妈所生的孩子60%在两年内可感染乙肝病毒，乙肝“大三阳”的妈妈新生儿感染风险约70～90%，“小三阳”的妈妈新生儿感染风险约10～40%。在我国，有8%的孕妇是乙肝病毒感染者，其中50%以上为e抗原(+)的“大三阳”感染者。

自从发现乙肝可以通过母婴传播感染后代，乙肝病毒母婴传播的危险因素就一直被医生们关注。最初，医生们注意到乙肝病毒的宫内感染与母亲体内的e抗原有关。e抗原阳性母亲所生的宝宝母婴阻断失败率高于e抗原阴性母亲所生的宝宝。

围产期或婴儿期感染乙肝病毒后，一般都属于肝功能正常的免疫耐受期。随着年龄增长，90%～100%会发展到HBeAg阳性的免疫清除期，出现肝功能异常(即：HBeAg阳性慢性乙型肝炎)。大多数(90%)可以发生HBeAg/抗HBe的血清学转换，但其中20%～40%的感染者HBeAg还会重新出现，仍保持HBeAg阳性的免疫清除状态，肝功能持续异常。

怀孕后孕妇体内会发生一系列生理变化，尤其是内分泌的变化，可能导致肾上腺皮质激素水平升高，肝脏负担加重。大约有25%的乙肝病毒感染者在孕期HBVDNA水平增高，大约有10%的e抗原阳性母亲在怀孕期间出现肝功能异常。

阿德福韦的耐药率算中等，在临床试验中5年的耐药率大约29%。但一些国产仿制品耐药率可能高于原研产品。恩替卡韦的耐药率很低，被医生称为高耐药屏障的药物。对于核苷(酸)类药物初治的患者，3年的耐药发生率仅1.7%。