多数伴有肿胀（肝压痛与脓肿部位有关），多数伴有局限性水肿，肋间间隙明显压痛，相当于脓肿。有些病人可能出现黄疸。如果脓肿穿透胸腔，就会引起脓胸。如果肺脓肿进入腹腔，就会引起腹膜炎。不规则化脓性发热，尤其是细菌性肝脓肿更为明显。随着深呼吸和身体运动，肝区持续性疼痛增加。由于脓肿的部位不同，会产生相应的呼吸系统和腹部症状经常有腹泻史。