急性肾盂肾炎治疗疗程为两周。急性肾盂肾炎是一种主要由大肠杆菌感染引起的尿路感染，临床表现为尿频、排尿急迫、尿痛、腰背痛、高热、寒战。其治疗方法是头孢菌素类抗生素，抗感染治疗，疗程为两周。在治疗过程中注意多饮水、频繁排尿，能有效防止细菌定植和繁殖。同时，明确了尿液培养引起的细菌感染，有针对性地选择敏感抗生素治疗。