儿童支原体肺炎的自然病程是从几天到四周不等。经过合理的抗感染治疗，患者可在1-2周内痊愈。但它需要1-2周的时间才能恢复，与症状的缓解相比，胸部的x光阴影完全消失需要2-3周。而且需要注意的是，儿童康复后，体内会有细菌，一般携带细菌的时间从半个月到四个半月不等，平均为一个半月。因此儿童的复发在临床上偶尔可见。