小儿慢性结肠炎可以口服抗生素治疗，抗生素的选择可以通过大便细菌培养来确定，不过这只适合细菌性结肠炎的患儿。如果是非细菌感染结肠炎，往往是因为过敏所致，例如牛奶过敏引起，就需要禁喝牛奶。同理，抗生素相关性肠炎，就需要停用抗生素并且补充益生菌来进行治疗。