虽然激光近视手术发展相对成熟，但仍然会有一定的危害，会导致眩光及夜间视力障碍：如果近视度数在700~1000度或以上，有80％的人在晚间会出现轻微眩光，25％的人夜间视力出现问题。这大多是由于手术时手术区域比较靠近视觉中心引起的。另外，手术中有可能伤害到泪膜神经，使泪液分泌减少。