肛瘘由于症状和程度不同，因此手术的方式也不同。手术包括：
1.肛瘘切开术：是治疗肛瘘的主流术式。
2.肛瘘挂线术：适用于高位肛瘘，以线代刀行慢切割，在切断肛瘘管壁的同时，造成炎症粘连，防止回缩，可以适当起到保护肛门功能的作用。
3.肛瘘切除术：主要适用于稳定期、周围炎症较轻的肛瘘。
4.瘘管填塞术：如纤维蛋白胶填塞术、生物栓填塞术等。