预防肛瘘的复发，首先日常生活中注意防治腹泻，因为腹泻时粪便容易进入肛窦及瘘管而引起炎症。其次，肛瘘时肛周常常蘸有脓汁，容易引起湿疹。因此排便后应淋浴或者坐浴保持局部的清洁。有的患者用肥皂消毒的清洗患处，可能会产生相反的效果，本来就薄弱的皮肤，在药物的刺激下会变得更薄弱，因此最好用热水轻擦患处。最后，养成良好的排便习惯，保持大便通畅。