因病原不同而异，一般应根据流行学史和临床表现初步加以判断。进一步确诊需依赖实验室检查。细菌性肠炎可作呕吐物及大便培养，获得病原菌即可确诊。病毒性胃肠炎可用电子显微镜、免疫电镜、免疫荧光及血清学检查如补体结合试验、酶联免疫吸附法及放射免疫法等检查病毒的抗原和抗体。也可用组织培养法分离病毒。寄生虫性肠炎可直接镜检，寻找病原体及其虫卵。真菌性肠炎可从大便中直接涂片，在显微镜下检查真菌或作大便真菌培养。