尽管木薯的块根富含淀粉，但其全株各部位包括根、茎、叶都含有毒物质，而且新鲜块根毒性较大。因此在食用木薯块根时一定要注意。木薯含有的有毒物质为亚麻仁苦苷，如果摄入生的或未煮熟的木薯或喝其汤，都有可能引起中毒。其原因为亚麻仁苦苷或亚麻仁苦苷酶经胃酸水解后产生游离的氢氰酸从而使人体中毒。一个人如果食用150～300克生木薯即可引起中毒，甚至死亡要防止木薯中毒，可在食用木薯前去皮，用清水浸薯肉使氰苷溶解。