膀胱子宫内膜异位症的治疗取决于患者年龄、生育要求、病变范围、泌尿系症状程度以及是否合并盆腔其他部位的内异症。治疗方法有药物治疗和手术治疗，或是联合应用。药物保守治疗包括高效孕激素、避孕药及促性腺激素释放激素类似物。膀胱部分切除术是目前膀胱内异症的首选治疗方法，包括完全切除病变及病变周围的炎性和瘢痕组织，病灶切除彻底。