益生菌在繁殖过程中产生有机酸，使肠腔PH下降，调节肠道正常蠕动，同时使肠管渗透压增高，水分的分泌增加，使粪便软化，从而缓解便秘。针对成人和小孩的试验结果均表明，益生菌制剂在辅助治疗成人功能性便秘和小儿功能性便秘方面均有较好疗效。