先天性骶管内囊肿是由于硬脊膜先天性发育缺陷所致，在腹压增加或动脉搏动时，脑脊液的流体静力压增高，使脑脊液通过蛛网膜的薄弱处逐渐流入先天性缺损的憩室而形成囊肿，这一薄弱处即形成了交通孔，这种囊肿中没有神经根存在。