造成功能性消化不良有许多原因，它和动力的障碍、内脏感觉的高敏有关系。很多研究已经证明了，局部的刺激，比方食物的因素，生物的因素或者炎症的因素，还有神经调控异常，中枢神经的调控，心理的因素，自主神经的紊乱还有肠神经系统功能的紊乱，这些都可能参与功能性消化不良的发病。