肠道菌群是指定植在人体肠道内并长期与人体相互依存的细菌群，包括40多个菌属，400到500种菌种，数量达100万亿之多，是人体细胞的10倍，重量上相当于一个人的肝脏，占健康成人每日排出粪便的1/3到2/5。

依据肠道菌群在肠道内的分布层次和存在情况，可以将其分为膜菌群和腔菌群两大类：膜菌群又称为原籍菌，在出生后数天就能贴近黏膜表面定植，是长期居住的细菌，成年时仍保持较多数量，与定植部位的上皮有密切联系，如双歧杆菌、厌氧乳杆菌、拟杆菌等；腔菌群又称外籍菌，主要存在于肠腔内，是数量少、不稳定的过路菌，如铜绿假单胞菌、肠球菌、大肠杆菌等。一旦腔菌群的数量增多，就会引发疾病。

依据肠道菌群与人体的关系，我们人为地把它们分为敌我友三大类：第一类是我们的朋友即有益菌如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等；第二类是我们的敌人即有害菌如葡萄球菌、绿脓杆菌等；第三类是中间分子即中间菌如肠球菌、大肠杆菌等。不同人的肠道菌群，其组成和数量存在个体差异，可能受个体的遗传性控制。