生殖器疱疹引起不孕不育的原因有很多，因为单纯疱疹病毒感染给女性带来的伤害是多方面的，而且几乎都能够影响到女性的正常受孕过程，导致不孕不育的发生。

感染初期患者的生殖器部位出现红斑、丘疹、小水疱或脓疱，不久便会发生糜烂或溃疡，病变局部瘙痒、疼痛，严重感染时还会出现全身症状，如发热、肌肉疼痛等。得了生殖器疱疹后，部分患者还可能出现排尿困难和阴道分泌物增多。上述症状都妨碍正常的性生活，使性生活次数减少，失去精卵结合的机遇。而且女性生殖器疱疹患者即使有性生活，被感染的阴道、宫颈、子宫内环境也会受影响，不利于精子的活动，使进入阴道的精子失去正常的活力，精子进入子宫与输卵管的能力、速度都会受到影响，干扰女性受孕。

另外由于单纯疱疹病毒的感染，子宫内环境也会大打折扣，不利于受精卵在子宫内种植，就算能种植也无法避免病毒的侵袭，很容易导致胎儿死亡或流产。

单纯疱疹病毒会破坏男性精子细胞的正常分裂，使精子畸形率增加。患有生殖器疱疹的男性，其精液中畸形精子比例增加，不利于与卵子结合，导致不育。