尖锐湿疣的临床表现多种多样。初起时为小而柔软的淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，表面凹凸不平，通常无自觉症状。继续增生，可成丘疹状、乳头状、菜花状和鸡冠状，有的可相互融合成大的团块。疣体表面粗糙，呈白色、红色或污秽色，此时可有痒感或压迫感，偶可破溃、渗出和继发感染。少数患者皮损过度增生，成为巨大型，也称Buschke-Loewenstein肿瘤或癌样尖锐湿疣，此型与HPV6、HPV11型有关，临床外观像鳞癌，但组织学为良性，少数可恶变。女性阴道炎和男性包皮过长者是尖锐湿疣发生和增长的辅助因素。免疫抑制治疗糖尿病、孕妇、合并其他性传播疾病常可诱发产生较大的疣体。生殖器和肛周部位是尖锐湿疣的最好发部位。

尖锐湿疣患者在非皮损部位存在HPV的潜伏感染，亚临床感染者缺乏肉眼可见的形态学改变，须借助醋酸白试验与阴道镜检查相结合方可识别。尖锐湿疣的亚临床感染状态是复发的主要原因。

临床外观正常、醋酸白试验阴性的皮肤黏膜中，可通过多种实验室检查发现有HPV感染，根据检出方法的敏感性及受检人群的不同，其阳性率为1.5%-76%，这也是尖锐湿疣临床复发的主要原因之一。

生殖器尖锐湿疣随病情发展变化可并发溃疡、出血、继、机械性阻塞及恶性变。