中国古代的医学典籍中就有关于尖锐湿疣的记载，但是当时并不知道明确的病因，认为是湿热蕴毒引起的，所以当梅毒传入我国之后，有的医家便把二者混为一谈。到了十九世纪的时候，部分医家有将本病与淋病混淆在一起，故有“淋病疣”之称。直到1879年奈瑟氏发现淋病奈瑟菌后，才将本病与淋病区别开来。

到了二十世纪，现代医学开始发展，医学家开始认识到长在会阴部的“瘊子”与皮肤表面的疣可能是同一种病，但由于发生部位不同，所以症状表现及传播途径也有所差别。1968年有学者通过电镜观察到皮肤疣病毒颗粒，从而证实了病毒是疣的病原体。到了二十世纪七十年代有学者证实尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒（HPV）感染引起的。人是HPV的惟一宿主，此类病毒属于DNA病毒，DNA在中间，外面由几个壳微粒排列成立体对称的20面体衣壳，病毒直径约50～55微米。目前采用分子生物学技术将HPV分为100多个亚型，引起尖锐湿疣的主要是HPV-6、HPV-11、HPV-16等等，HPV-16、HPV-18、HPV-45等亚型是最常见的致宫颈癌的高危型。