细菌性肝脓肿是最为常见的肝脓肿的类型，阿米巴性的肝脓肿已经非常少见了。
再有可以通过化验以及病史、大便的一些检查，来进行这方面的鉴别。首先通过化验，如果是细菌性肝脓肿，可以从血培养、脓液培养里边能够检出明确的致病菌，这个结果对于诊断细菌性肝脓肿具有非常重要的价值。
再有细菌性肝脓肿，大多可能存在胆道的感染，或者是肝脏相邻部位的一些感染，还有一些是在糖尿病等一些免疫受损的原发病的基础上发生的，这些原发的一些疾病，对于诊断细菌性肝脓肿也有一些帮助。而阿米巴性肝脓肿主要是依据患者的大便中，能够检出阿米巴的滋养体，有助于去诊断阿米巴性肝脓肿。