肺炎球菌脑膜炎的治疗以药物治疗为主，同时给予营养支持。如果患者出现发热，可给予补液、退热等对症处理，同时也降低颅内压、抗癫痫等治疗，我们要针对病原体治疗。
首选抗生素为青霉素，可替代的抗生素包括氨苄西林、头孢唑啉、头孢噻肟、头孢曲松。大环内酯类如红霉素、克拉霉素、阿奇霉素、多西环素等。但是肺炎球菌对青霉素、氯霉素、大环内酯类都已经出现了不同程度的抵抗。所以对于青霉素类、头孢类耐药的肺炎球菌，我们可以选用万古霉素治疗。万古霉素是目前治疗多重耐药肺炎球菌脑膜炎常用的药物，但它不易通过血脑屏障，可联合应用利福平。另外，我们可以给予一些类固醇激素，如地塞米松，地塞米松能减轻颅内压、减少脑的水含量和减少血浆蛋白进入脑积液。