细菌性阴道炎治疗主要选用抗厌氧菌药物，如甲硝唑、替硝唑、克林霉素。分为全身用药和局部用药，
细菌性阴道病为阴道内乳杆菌减少，加德纳菌及其他厌氧菌增加导致内源性混合感染。治疗药物甲硝唑可以抑制厌氧菌生长，并且不影响乳杆菌生长，是最理想治疗药物。
全身用药：首选口服甲硝唑片，其次口服替硝唑。
局部用药：主要选择甲硝唑酯栓剂，阴道上药。也可以用2%克林霉素软膏，阴道涂抹。如果孕妇或哺乳期，一般选择局部用药最佳。注意用药期间禁止性生活，避免阴道炎反复出现。每晚阴道上药前注意洗净双手，或者带手套阴道上药。