一旦发现大肠息肉应尽可能全部切除，尤其是极有可能发生癌变的腺瘤性息肉，必须及时手术切除。随着内镜技术的发展，一部分息肉可以在结肠镜下，使用高频电或微波、激光等摘除掉，避免了病人开腹的痛苦。
医务人员经肛门置入肠镜，并逐渐向内推送，如发现息肉可利用活检钳除法或圈套切除法等直接切除息肉，或通过在黏膜下层注射生理盐水使病变基底部隆起后再切除。
对于蒂较大的息肉或广基息肉大于2厘米的，或者内镜切除不全且无法经肛门切除者，一般需要行经腹息肉切除术。
息肉切除术后并发症主要是肠道出血，通常在术后1-2周可能出现延迟性出血。此外极少数患者还可以出现肠穿孔，必要时需进行外科手术治疗。